No verão de 1997, confirmado anteriormente por Dumbledore, o encantamento de proteção que a morte de Lílian Potter proporcionou ao seu filho, iria ser quebrado assim que Harry completasse 17 anos (maioridade no mundo dos Bruxos) e saísse da casa de seus tios trouxas (Válter Dursley e Petúnia Evans). Para que Harry viajasse em segurança até a "A Toca" (casa dos Weasley) - que se encontrava protegida por encantamentos protetores complexos lançados pelo Ministério da Magia - Potter é escoltado pela Ordem da Fênix. Porém, mais alguém sabia da fuga. Snape informara Lorde Voldemort da viagem. Ora, tanto Harry como a Ordem da Fênix foram perseguidos pelos Comensais da Morte e por Voldemort. Ocorre uma autêntica batalha no ar que levou à morte, a coruja de Harry, Edwiges e do Auror, Olho-Tonto Moody. Durante a batalha, a varinha de Harry reage sozinha contra a varinha de Voldemort, lançando um feitiço dourado, e Harry, esperando pela morte, fica impressionado, e consegue escapar mais uma vez. Voldemort fica furioso, e vai atrás de uma explicação.
Entretanto, na A Toca, vive-se um período bastante atarefado com os preparativos para o casamento de Gui Weasley e de Fleur Delacour. Harry encontra de novo Rony, Hermione e Gina.
Ainda antes do casamento, é preparada para Harry uma festa de aniversário pela Sra. Weasley. Durante o jantar de aniversário, surge a notícia de que o Ministro da Magia, Rufus Scrimgeour viria "A Toca". O Ministro visita-os para lhes revelar o testamento de Dumbledore (morto por Severus Snape), sendo este testamento apenas destinado/lido a Harry, Rony e Hermione. Dumbledore havia deixado um objeto a cada um deles: para Rony Weasley, o seu antigo Apagador (o Desiluminador),na esperança que ele se lembrasse do antigo diretor ao usá-lo, que absorvia toda a luz presente num espaço, inventado pelo próprio Dumbledore; para Hermione Granger deixara um livro de histórias infantis de "Os Contos de Beedle, o Bardo", na esperança que esta o achasse divertido e instrutivo; para Harry Potter, o pomo de ouro que tinha sido capturado no seu primeiro Jogo de Quadribol em Hogwarts, para lembrar-lhe as recompensas da perseverança e da competência, com a gravação de uma mensagem e ainda a espada feita por duendes de Godric Gryffindor, fundador da casa Grifinória. Porém, a espada não é entregue a Harry, porque a espada era uma importante peça histórica que pertencia à Hogwarts e não, à Dumbledore.
Decorria na perfeição o casamento de Gui e Fleur quando o Patrono de Kingsley Shacklebolt, uma lince, aparece dando a mensagem: "O Ministério caiu. Scrimgeour está morto. Eles estão chegando."
Harry, Rony e Hermione escapam para Londres, onde se vêem obrigados a enfrentar dois Comensais da Morte, Dolohov e Thor Rowle, indo em seguida refugiar-se na casa dos Black (que, por testamento de Sirius, pertence a Harry). Chegando lá, descobrem que o irmão de Sirius, Regulo Black, é na verdade o "R.A.B." (nome completo: Régulo Arturo Black) que havia roubado o Medalhão de Slytherin, uma das seis Horcruxes de Voldemort, dando-o a Monstro, seu elfo doméstico, para que o destruísse. Já bastante contente com a presença dos três na Casa dos Black, Monstro revela que não conseguiu destruir a jóia, e esta acabou por ser roubada por Mundungo Fletcher. Acabam por descobrir Mundungo, que lhes revela que deu o medalhão (por chantagem) a uma alta oficial do Ministério - Dolores Umbridge. Após essa revelação eles invadem o Ministério, apanham o medalhão e são seguidos por um Comensal da Morte, Yaxley, durante a fuga, não sendo possível retornar a casa dos Black, tendo que optar por viver em tendas, mudando-se constantemente de lugar para que não fossem capturados.
Depois de alguns meses mudando de um lugar pra outro, o trio escuta uma conversa que revela que o Ministério guardava a espada de Gryffindor no cofre de Bellatrix Lestrange no banco de Gringotes. Entretanto, o Ministério não sabe que a espada é falsa; o paradeiro da verdadeira é desconhecido. Quando Harry descobre que Dumbledore eliminou um Horcrux com a espada real, por esta estar embebida em veneno de basilisco (como vemos em Harry Potter e a Câmara Secreta), os três decidem buscá-la para destruir as outras Horcruxes. Rony possuido pelo medalhão aborrece-se porque Harry não tem um verdadeiro plano para encontrar as outras horcruxes e, abandona-os indo para casa do seu irmão Gui. Harry e Hermione vão à aldeia de Godric's Hollow, pois Harry descobre que Dumbledore morou algum tempo em Goric's Hollow também, acreditando que o mesmo esconderia a espada ali junto da antiga historiadora da magia Batilda Bagshot.
Depois de visitarem o túmulo dos pais de Harry e da mãe, Kendra, e irmã , Ariana, de Dumbledore e indo visitar a antiga casa de Harry, encontram Batilda Bagshot. Contudo ao seguirem Batilda à sua casa, caem numa emboscada montada por Voldemort e a sua serpente Nagini que se revela no corpo da mulher. Durante a sua fuga, Hermione quebra acidentalmente a varinha de Harry com o ricochete do Feitiço Detonador que a própria lançou quando estava tentando salvar ambos da cobra de Voldemort. Após isso, uma noite um Patrono com forma de corça aparece próximo do campo e conduz Harry até a verdadeira espada de Godric Gryffindor que estava dentro de um poço congelado. Assim que Harry tenta retirá-la do poço congelado, o medalhão aperta o seu pescoço, quase o estrangulando (supõe-se que o medalhão sentiu a presença de algo que poderia derrotá-lo) - com Harry sendo salvo pela intervenção de Rony. Cansado, Harry pede a Rony que destrua a Horcrux, pois esta o afetava mais que os outros, que apesar de tentar confundir Rony com ilusões, a horcrux é apunhalada pela espada. Rony alerta aos outros que o nome de Voldemort é proibido agora, como se fosse um tabu: qualquer um que o proferir terá a sua localização revelada e os feitiços que os protegem, anulados.
Eles vão até a casa de Xenofílio Lovegood, pai de Luna Lovegood, para saber mais sobre o símbolo de Grindelwald (pois Harry havia visto Xenofilio com o simbolo de Grindewald no dia do casamento de Gui com Fleur, Hermione o havia visto no livro Os Contos de Beedle, o Bardo e no túmulo de Ignoto Peverell, o irmão mais novo e inventor da terceira relíquia, em Godric Gryffindor). Ele explica que o símbolo na verdade é uma marca que identifica aqueles que procuram as "Relíquias da Morte", três objetos lendários que controlavam a morte: a "Varinha das Varinhas", a Pedra da Ressurreição e a capa da Invisibilidade. Harry está convencido de que o sua capa da Invisibilidade é uma das Relíquias. Xenofílio denuncia-os ao Ministério, na esperança de que devolvam a sua filha sequestrada pelos Comensais da Morte, Luna Lovegood, mas no entanto eles escapam.
Algum tempo depois, os Comensais capturam os três depois que Harry menciona, acidentalmente, o nome de Voldemort, o qual ativa um feitiço rastreador. Para que Harry não seja descoberto, Hermione tenta desfigurar a cara de Harry com um feitiço, porém este mostra-se inútil. Eles são feitos prisioneiros na Mansão dos Malfoy, o novo quartel-general dos Comensais, encontrando por lá o senhor Olivaras, famoso por vender varinhas, e Luna Lovegood. Ao encontrar a espada entre os pertences do grupo, Belatriz Lestrange teme que eles tenham entrado no seu cofre em Gringotes. Enquanto Hermione é torturada por Belatriz pela Maldição Cruciatus, Dobby chega, sendo ordenado por Harry a libertar os prisioneiros, porém Pedro Pettigrew descobre-os. Como Harry salvara a vida de Pettigrew (em Harry Potter e o Prisioneiro de Azkaban), este retribui a dívida recusando-se a atacar Harry, mas a mão mágica de Pedro o estrangula pela traição a Voldemort. Na fuga, Harry captura as varinhas de Draco Malfoy e Belatriz, e essa mata Dobby com uma faca de prata. Após passarem vários dias na casa de Gui e Fleur e retirarem informações valiosas sobre a Varinha das Varinhas com Olivaras, o trio invade Gringotes, com a ajuda do duende Griphook (Grampo). Com muita dificuldade eles pegam uma Horcrux guardada lá (a Taça de Hufflepuff) e escapam montando o dragão que guardava o cofre de Belatriz, mas perdem a espada, que era paga pelos serviços de Griphook.
Após isso, Voldemort percebe que as Horcruxes estão sendo destruídas, e a conexão mental entre Harry e Lorde Voldemort revela que uma delas está escondida em Hogwarts, e que Voldemort vai ao castelo para pegar a Varinha das Varinhas do túmulo de Dumbledore. O trio decide seguir para a escola, e chegando em Hogsmeade, através da Aparatação, ativam o feitiço Miadura (após uma certa hora ninguém poderia sair de suas casas). Os Comensais da Morte, que estavam hospedados em Hogsmeade, foram avisados por Voldemort que a qualquer momento Harry Potter apareceria para poder tentar entrar em Hogwarts. Tentando protegê-los,Aberforth Dumbledore, os abriga no seu bar e, este revela-lhes uma passagem secreta para o castelo. Lá dentro, a Armada de Dumbledore recebe-os na Sala Precisa - e a revelação de que Harry está no castelo faz os Comensais prepararem um ataque. A Armada de Dumbledore prepara-se para a luta, e a Ordem da Fénix também chega para o combate.
Segue-se uma batalha, na qual Fred Weasley, Remo Lupin, Colin Creevey, Ninfadora Tonks e mais alguns não nomeados, morrem. No meio-tempo, Rony e Hermione pegam nos dentes do basilisco da Câmara Secreta para destruir a taça, e após Harry descobrir com Luna que o diadema (jóia) de Ravenclaw pode ser um Horcrux, ele lembra-se de ter visto a jóia ao esconder um livro de poções. Harry conduz os seus amigos à Sala Precisa, onde acham o diadema, mas são descobertos por Draco, Vincente Crabbe e Gregorio Goyle. Os seis lutam, e Crabbe perde o controle de um Fogo Maldito e incendeia tão fortemente que o mata e destrói o diadema.
Vendo a mente de Voldemort, Harry descobre que o inimigo está na Casa dos Gritos. Quando Harry, Hermione e Rony chegam lá, vêem Voldemort matar Severus Snape. Harry pega as lembranças de Snape e coloca na Penseira. As descobertas incluem que o bruxo, na realidade, nunca traiu Dumbledore: era um espião dele; que Snape foi apaixonado por Lílian desde criança, e ao saber que seria morta, pediu a Voldemort que a poupasse, e ao não ser atendido, jurou a Dumbledore ajudá-lo a proteger Harry durante toda a sua vida; que a morte do diretor foi combinada com Snape, pois ele descobrira que teria pouco tempo de vida de qualquer forma após destruir uma Horcrux; e que a tentativa falhada de matar Harry acabou por fazer um fragmento da alma do Lorde das Trevas se alojar no corpo do menino.
Tendo descoberto que ele próprio é uma Horcrux, Harry decide ser morto pelas mãos de Voldemort. Porém, antes de se entregar a Voldemort, descobre que o pomo de ouro guardava a Pedra da Ressureição. Harry apresenta-se diante Voldemort e é morto pelo mesmo sem nem sequer puxar a varinha para se defender . Harry fica entre a vida e a morte e vê Dumbledore, ao dialogar com ele, descobre que não só a horcrux no seu corpo fora destruída, mas que Voldemort não pode matá-lo por ter usado o sangue de Harry para reconstruir o seu corpo.
Após ressuscitar, Harry volta ao castelo fingindo-se de morto. Próximo da porta do castelo, vê Neville Longbottom, destruir a última Horcrux ao decapitar Nagini. Belatriz Lestrange tenta matar Gina e é morta por Molly Weasley. Harry revela-se a Voldemort, sabendo que é o legítimo dono da Varinha das Varinhas - Draco Malfoy seria o proprietário após desarmar Dumbledore, e Harry ganha o direito após roubar a varinha de Malfoy na mansão - e assim esta não funcionaria nele. Voldemort conjura Avada Kedavra, mas a Varinha recusa-se a matar o seu mestre e o feitiço rebate em Voldemort, que cai morto. Harry usa a Varinha para consertar a sua própria, e devolve-a ao túmulo de Dumbledore.
Segue-se um epílogo de 19 anos depois no ano de 2017, em que Harry casou-se com Gina e teve três filhos: Tiago Sirius, Lílian Luna e Alvo Severo (na versão original James Sirius, Lily Luna e Albus Severus, respectivamente) sendo que Alvo Severo é em homenagem aos dois homens de quem nunca se esquecerá, Snape e Dumbledore. Já Rony casa-se com Hermione e tem dois filhos, Hugo e Rosa. O afilhado de Harry, Teddy Lupin, namorado de Victoire, filha de Gui e Fleur, visita a família constantemente, e Neville tornou-se professor de Herbologia em Hogwarts. No capítulo final, Harry leva os filhos a King's Cross, onde encontram Draco Malfoy e o seu filho Escórpio, e o pequeno Alvo irá apanhar o Expresso de Hogwarts pela primeira vez. O livro finaliza com a frase "a cicatriz não incomodara Harry nos últimos 19 anos. Tudo estava bem".
